Em meados de 1940, deu-se o início do povoamento desta localidade, cujo terreno apresentava-se cortado por um pequeno rio que seguia por um percurso muito plano, sendo por isso que os habitantes da época passaram a chamá-lo de Rio da Vargem. As primeiras famílias que estabeleceram residência neste local eram oriundas do litoral de Santa Catarina, de origem italiana, alemã e cabocla, que com o passar do tempo desenvolveram atividades na agricultura, comércio e indústria.
A primeira casa comercial foi instalada na sede do município, por Antônio Reis de Araújo, e a primeira indústria consistia de um moinho movido à água, propriedade de Marcos Rossi.
Antônio Reis de Araújo loteou as terras, iniciando assim o povoamento, que contribuiiu para a formação de uma Vila, chamada de Rio da Vargem.
Esta vila, em 1960, aproximadamente, passou a ser distrito do município de Campos Novos, pela lei 280 de 28 de fevereiro de 1958, assinado pelo governador Jorge Lacerda, sendo o primeiro intendente o Sr. João Gässer e o primeiro vereador o Sr. Alberto Oneda.
Em meados de 1991 formou-se a comissão Pró Emancipação do Município, que ápós cumpridas as etapas e as formalidades, encaminhando todo o processo á Assembléia Legislativa, para criação do Município de Vargem, que aprovado pelo Poder Legislativo de Santa Catarina, foi sancionado a lei 8.483, de 12 de dezembro de 1991, pelo então Governador do Estado, Vilson Pedro Kleynubing.
Emancipado em 12/12/1992, e com a posse do primeiro Prefeito Municipal Falavino Ferreira Filho em 01/01/1993, atualmente está em seu quarto mandato político administrativo.
Inicialmente a economia do município era baseada na extração de madeira das florestas de araucária, que devido ao corte intenso, deu espaço para a agricultura, pecuária e reflorestamento comercial, que atualmente são a base da economia do município.
